En 1887, les Religieuses de la Sainte-Famille de Villefranche-de-Rouergue, déjà bien implantées en Gironde, souhaitent établir une « maison d'enseignement » à Bordeaux. Le Père Guicheteau, qui justement voulait ouvrir une école pour les filles sur la paroisse Sainte-Marie Bastide, va soutenir leur projet. Les sœurs s'installent en mai 1869, rue Sophie (actuelle rue Paul Camelle) mais l'afflux rapide des élèves les amène à construire les premiers bâtiments en 1892-93.

En 2019, l'école maternelle et élémentaire seront rénovées. Trois bâtiments rénovés abritent aujourd'hui un niveau de lycée (Secondes, Première et Terminales) et forment ainsi des lieux d'études et de vie différenciés. Un vaste CDI, deux salles de sport avec un mur d'escalade, des laboratoires spécialisés, des salles informatiques, diverses salles de cours, trouvent également place sur un espace de plus de deux hectares. En outre, les lycéens profitent d'espaces de restauration clairs et conviviaux (restaurant scolaire et kiosques).

Grâce à la volonté de la Congrégation qui souhaitait accueillir toutes les jeunes filles quelle que soit leur origine sociale, l'école n'a cessé de se développer : de nouvelles constructions sont engagées en 1934 puis en 1964. En 1981, une section de techniciens supérieurs (BTS) ouvre dans les locaux de l'ancien internat, avenue Thiers. En 1990, quelques classes du lycée traversent la rue de Dijon pour s'établir dans de nouveaux locaux. Depuis 1997, tous les lycéens y sont accueillis.

Un campus accueille les étudiants de BTS et Bachelors, rue Dubessan, dans un cadre moderne et high-tech avec un espace de restauration depuis 2014. Il s'agrandit en 2023 pour répondre à l'augmentation notamment des apprentis de Bastide-Formations.